安徽省科协的青少年工作最初归属在科普部。1997年，为进一步加强青少年这一重点人群的科普工作，同时也对标中国科协的做法，省编办正式批准成立“安徽省青少年科技活动中心”。目前为省科协县（处）级直属机构，公益一类事业单位。