基础医学院的前身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部（简称基础部）。1960年2月改称基础医学系。1985年5月成立北京医科大学后，正式更名为基础医学院。2000年4月北京大学与北京医科大学合并后，更名为北京大学基础医学院至今。